SECR Model Fitting Tutorial Error

[wievern]

I was recommended to use secr to analyze my data (by Murray Efford here, thank you!). I am working my way through the tutorial https://www.otago.ac.nz/density/pdfs/secr-tutorial.pdf using the snowshow hare data from https://www.otago.ac.nz/density/examples/. I have not altered the files in any way, yet I keep getting this error:

Code: Select all

> hareCH6capt <- read.table("~/Master's/Temp/hareCH6capt.txt", quote="\"")
> hareCH6trap <- read.table("~/Master's/Temp/hareCH6trap.txt", quote="\"")
> hareCAP <- make.capthist(hareCH6capt, hareCH6trap)
                   V1 V2 V3   V4
1   wickershamunburne  1  2  201
14  wickershamunburne  1  5  402
5   wickershamunburne  2  2  701
19  wickershamunburne  3  4  702
...
12  wickershamunburne 74  6  202
103 wickershamunburne 75  6  607
Error in make.capthist(hareCH6capt, hareCH6trap) :
  failed to match some capture locations to detector sites

I tried to find the problem traps, but came up with none:

Code: Select all

> mismatched_traps <- setdiff(hareCH6capt$V4, hareCH6trap$V1)
> print(mismatched_traps)
integer(0)

I am not sure how to continue. I tried to use my own data as well, and got the same error. I just reinstalled R, in case that was the issue, but it did not fix the problem. I combed through the data and couldn't identify any traps with mismatched names, both in the example data and my own. Please advise!

Thanks!

P.S. Data, for reference:

Code: Select all

> print(hareCH6trap)
      V1     V2     V3
1    101   0.00   0.00
2    201  60.96   0.00
3    301 121.92   0.00
4    401 182.88   0.00
5    501 243.84   0.00
6    601 304.80   0.00
7    701 365.76   0.00
8    801 426.72   0.00
9    901 487.68   0.00
10  1001 548.64   0.00
11   102   0.00  60.96
12   202  60.96  60.96
13   302 121.92  60.96
14   402 182.88  60.96
15   502 243.84  60.96
16   602 304.80  60.96
17   702 365.76  60.96
18   802 426.72  60.96
19   902 487.68  60.96
20  1002 548.64  60.96
21   103   0.00 121.92
22   203  60.96 121.92
23   303 121.92 121.92
24   403 182.88 121.92
25   503 243.84 121.92
26   603 304.80 121.92
27   703 365.76 121.92
28   803 426.72 121.92
29   903 487.68 121.92
30  1003 548.64 121.92
31   104   0.00 182.88
32   204  60.96 182.88
33   304 121.92 182.88
34   404 182.88 182.88
35   504 243.84 182.88
36   604 304.80 182.88
37   704 365.76 182.88
38   804 426.72 182.88
39   904 487.68 182.88
40  1004 548.64 182.88
41   105   0.00 243.84
42   205  60.96 243.84
43   305 121.92 243.84
44   405 182.88 243.84
45   505 243.84 243.84
46   605 304.80 243.84
47   705 365.76 243.84
48   805 426.72 243.84
49   905 487.68 243.84
50  1005 548.64 243.84
51   106   0.00 304.80
52   206  60.96 304.80
53   306 121.92 304.80
54   406 182.88 304.80
55   506 243.84 304.80
56   606 304.80 304.80
57   706 365.76 304.80
58   806 426.72 304.80
59   906 487.68 304.80
60  1006 548.64 304.80
61   107   0.00 365.76
62   207  60.96 365.76
63   307 121.92 365.76
64   407 182.88 365.76
65   507 243.84 365.76
66   607 304.80 365.76
67   707 365.76 365.76
68   807 426.72 365.76
69   907 487.68 365.76
70  1007 548.64 365.76
71   108   0.00 426.72
72   208  60.96 426.72
73   308 121.92 426.72
74   408 182.88 426.72
75   508 243.84 426.72
76   608 304.80 426.72
77   708 365.76 426.72
78   808 426.72 426.72
79   908 487.68 426.72
80  1008 548.64 426.72
81   109   0.00 487.68
82   209  60.96 487.68
83   309 121.92 487.68
84   409 182.88 487.68
85   509 243.84 487.68
86   609 304.80 487.68
87   709 365.76 487.68
88   809 426.72 487.68
89   909 487.68 487.68
90  1009 548.64 487.68
91   110   0.00 548.64
92   210  60.96 548.64
93   310 121.92 548.64
94   410 182.88 548.64
95   510 243.84 548.64
96   610 304.80 548.64
97   710 365.76 548.64
98   810 426.72 548.64
99   910 487.68 548.64
100 1010 548.64 548.64

Code: Select all

> print(hareCH6capt)
                   V1 V2 V3   V4
1   wickershamunburne  1  2  201
2   wickershamunburne 19  1  501
3   wickershamunburne 72  5  601
4   wickershamunburne 73  6  601
5   wickershamunburne  2  2  701
6   wickershamunburne 60  3  701
7   wickershamunburne 20  1  901
8   wickershamunburne 47  2  901
9   wickershamunburne 20  4  901
10  wickershamunburne 20  3 1001
11  wickershamunburne 51  4  202
12  wickershamunburne 74  6  202
13  wickershamunburne 51  2  302
14  wickershamunburne  1  5  402
15  wickershamunburne 29  6  402
16  wickershamunburne 19  5  502
17  wickershamunburne  3  5  602
18  wickershamunburne 50  2  702
19  wickershamunburne  3  4  702
20  wickershamunburne 21  1  902
21  wickershamunburne 61  6  902
22  wickershamunburne 48  2 1002
23  wickershamunburne 68  6 1002
24  wickershamunburne 41  6  203
25  wickershamunburne 46  2  303
26  wickershamunburne 29  5  303
27  wickershamunburne 42  5  403
28  wickershamunburne 43  4  503
29  wickershamunburne  3  6  503
30  wickershamunburne 68  5  603
31  wickershamunburne 43  6  603
32  wickershamunburne 17  2  803
33  wickershamunburne 44  4  803
34  wickershamunburne 17  6  803
35  wickershamunburne 22  1  903
36  wickershamunburne 45  2 1003
37  wickershamunburne 61  4 1003
38  wickershamunburne 45  5 1003
39  wickershamunburne 62  4  104
40  wickershamunburne 23  1  304
41  wickershamunburne 42  2  304
42  wickershamunburne 29  4  304
43  wickershamunburne 46  6  304
44  wickershamunburne 58  3  404
45  wickershamunburne 43  2  504
46  wickershamunburne 26  4  704
47  wickershamunburne 26  5  704
48  wickershamunburne 44  2  804
49  wickershamunburne 17  4  804
50  wickershamunburne 67  5  804
51  wickershamunburne 22  4  904
52  wickershamunburne 26  6  904
53  wickershamunburne 24  1 1004
54  wickershamunburne 59  3 1004
55  wickershamunburne 24  6 1004
56  wickershamunburne 58  6  205
57  wickershamunburne 10  4  305
58  wickershamunburne 10  6  305
59  wickershamunburne 25  1  405
60  wickershamunburne 29  2  405
61  wickershamunburne 62  6  405
62  wickershamunburne 41  2  505
63  wickershamunburne 10  3  505
64  wickershamunburne 25  4  605
65  wickershamunburne 18  5  605
66  wickershamunburne 26  1  705
67  wickershamunburne 26  2  705
68  wickershamunburne 26  3  705
69  wickershamunburne 57  3  805
70  wickershamunburne 27  1 1005
71  wickershamunburne 37  4 1005
72  wickershamunburne 15  6 1005
73  wickershamunburne  4  3  106
74  wickershamunburne 66  5  106
75  wickershamunburne 56  3  206
76  wickershamunburne 55  3  306
77  wickershamunburne 66  4  306
78  wickershamunburne 40  5  306
79  wickershamunburne 29  1  406
80  wickershamunburne 40  2  406
81  wickershamunburne 29  3  406
82  wickershamunburne 40  6  406
83  wickershamunburne 28  1  506
84  wickershamunburne 16  4  506
85  wickershamunburne 41  5  506
86  wickershamunburne 10  2  606
87  wickershamunburne 41  4  606
88  wickershamunburne 70  5  706
89  wickershamunburne 30  1  806
90  wickershamunburne 30  2  806
91  wickershamunburne 30  5  806
92  wickershamunburne 57  6  806
93  wickershamunburne 31  1 1006
94  wickershamunburne 12  4 1006
95  wickershamunburne  4  6  107
96  wickershamunburne 54  4  207
97  wickershamunburne 16  6  407
98  wickershamunburne 18  3  507
99  wickershamunburne 32  1  607
100 wickershamunburne  4  2  607
101 wickershamunburne 54  3  607
102 wickershamunburne 18  4  607
103 wickershamunburne 75  6  607
104 wickershamunburne 33  1  707
105 wickershamunburne 39  2  707
106 wickershamunburne 65  4  807
107 wickershamunburne  5  6  807
108 wickershamunburne 38  2  907
109 wickershamunburne 31  5 1007
110 wickershamunburne 36  6  108
111 wickershamunburne 18  2  308
112 wickershamunburne 36  3  308
113 wickershamunburne 18  6  308
114 wickershamunburne 36  2  408
115 wickershamunburne  4  4  408
116 wickershamunburne 54  6  408
117 wickershamunburne 34  1  708
118 wickershamunburne 33  4  708
119 wickershamunburne 33  6  708
120 wickershamunburne  5  2  808
121 wickershamunburne 34  3  808
122 wickershamunburne 33  5  808
123 wickershamunburne 70  6  808
124 wickershamunburne 37  2  908
125 wickershamunburne 38  3  908
126 wickershamunburne 69  5  908
127 wickershamunburne 38  6  908
128 wickershamunburne 21  3 1008
129 wickershamunburne 71  5  409
130 wickershamunburne 52  6  409
131 wickershamunburne  6  2  509
132 wickershamunburne  6  5  509
133 wickershamunburne 32  6  509
134 wickershamunburne 53  3  709
135 wickershamunburne  5  4  809
136 wickershamunburne 34  5  809
137 wickershamunburne 64  6  809
138 wickershamunburne 63  4  310
139 wickershamunburne 35  2  410
140 wickershamunburne 52  5  410
141 wickershamunburne 32  2  510
142 wickershamunburne 52  3  510
143 wickershamunburne  6  6  510
144 wickershamunburne  6  3  610
145 wickershamunburne 64  4  610

For my own data:

Code: Select all

> print(duffsept)
    session animalID occasion trapID
1  duffsept     4913        1     A7
2  duffsept     4942        1    A11
3  duffsept     4837        1    A12
4  duffsept     8701        1    A14
5  duffsept     4841        1    A15
6  duffsept     8702        1    B15
7  duffsept     8703        1    B14
8  duffsept     8704        1    B13
9  duffsept     4922        1     B9
10 duffsept     5039        1     B7
11 duffsept     5041        1     B5
12 duffsept     8705        1     C4
13 duffsept     4847        1    C10
14 duffsept     8706        1    C13
15 duffsept     5046        1    C14
16 duffsept     8707        1    C15
17 duffsept     4829        1    D15
18 duffsept     4913        2     B7
19 duffsept     4837        2    A12
20 duffsept     4841        2    A14
21 duffsept     8704        2    D15
22 duffsept     4922        2     B9
23 duffsept     5039        2     C8
24 duffsept     5041        2     B3
25 duffsept     8705        2     C3
26 duffsept     4847        2    D11
27 duffsept     8706        2    B14
28 duffsept     5046        2    C14
29 duffsept     8707        2    C15
30 duffsept     4829        2    D12
31 duffsept     8708        2     A8
32 duffsept     8709        2    A11
33 duffsept     5037        2    A13
34 duffsept     4842        2    A15
35 duffsept     8710        2    B15
36 duffsept     4742        2    B12
37 duffsept     4961        2     C4
38 duffsept     8711        2     C9
39 duffsept     8712        2    C10
40 duffsept     8713        2    D14
41 duffsept     8714        2     D1
42 duffsept     4913        3     A7
43 duffsept     4942        3    B11
44 duffsept     4837        3    A13
45 duffsept     8701        3    A15
46 duffsept     4841        3    A14
47 duffsept     8702        3    B15
48 duffsept     8703        3    D15
49 duffsept     8704        3    C12
50 duffsept     4922        3     B9
51 duffsept     5039        3     C8
52 duffsept     5041        3     C4
53 duffsept     8705        3     B5
54 duffsept     4847        3    D11
55 duffsept     5046        3    B14
56 duffsept     8707        3    C15
57 duffsept     4829        3    D13
58 duffsept     8711        3     C9
59 duffsept     8713        3    D14
60 duffsept     4934        3     B3
61 duffsept     4827        3     C3
62 duffsept     8715        3    A12
63 duffsept     8716        3    B13
64 duffsept     8717        3    C15
65 duffsept     8723        3    D12

Code: Select all

> print(traps)
   trapID  x   y
1      A1  0   0
2      A2  0  15
3      A3  0  30
4      A4  0  45
5      A5  0  60
6      A6  0  75
7      A7  0  90
8      A8  0 105
9      A9  0 120
10    A10  0 135
11    A11  0 150
12    A12  0 165
13    A13  0 180
14    A14  0 195
15    A15  0 210
16     B1 15   0
17     B2 15  15
18     B3 15  30
19     B4 15  45
20     B5 15  60
21     B6 15  75
22     B7 15  90
23     B8 15 105
24     B9 15 120
25    B10 15 135
26    B11 15 150
27    B12 15 165
28    B13 15 180
29    B14 15 195
30    B15 15 210
31     C1 30   0
32     C2 30  15
33     C3 30  30
34     C4 30  45
35     C5 30  60
36     C6 30  75
37     C7 30  90
38     C8 30 105
39     C9 30 120
40    C10 30 135
41    C11 30 150
42    C12 30 165
43    C13 30 180
44    C14 30 195
45    C15 30 210
46     D1 45   0
47     D2 45  15
48     D3 45  30
49     D4 45  45
50     D5 45  60
51     D6 45  75
52     D7 45  90
53     D8 45 105
54     D9 45 120
55    D10 45 135
56    D11 45 150
57    D12 45 165
58    D13 45 180
59    D14 45 195
60    D15 45 210

Error message:

Code: Select all

> duffseptcap <- make.capthist(duffsept, traps, fmt = "trapID")
    session animalID occasion trapID
36 duffsept     4742        2    B12
61 duffsept     4827        3     C3
17 duffsept     4829        1    D15
...
64 duffsept     8717        3    C15
65 duffsept     8723        3    D12
Error in make.capthist(duffsept, traps, fmt = "trapID") :
  failed to match some capture locations to detector sites

NOTE: I used "..." in the printout, as I provided the data anyways and didn't want to waste space

[murray.efford]

I suggest you follow the tutorial i.e. use read.capthist() with the (quoted) names of the capture and traps files as arguments. You somewhat creatively read these files into dataframes and then pass the dataframes as arguments to make.capthist() that expects a dataframe of captures and a traps object. make.capthist() is not usually needed (it is called internally by read.capthist). Compare ?read.capthist and ?make.capthist.
Murray

[wievern]

Hi Murray,
Thank you for your response. I had originally tried that, but I keep getting the error code "requires single 'captfile'." I am not sure why it is reading my captfile as multiple files, but I'll keep trying to troubleshoot. Thanks.

[murray.efford]

The captfile argument of read.capthist() is a single character value (a file name in quotes). Early in read.capthist you will see the code: if (length(captfile) != 1) stop ("requires single 'captfile'").
Somehow (in code we haven't seen) you were passing something else.