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Here is an output from Presence 3.1

Code: Select all

   Untransformed Estimates of coefficients for covariates (Beta's)
==============================================================================
                                            estimate   std.error
A1     : a1                                 0.673723  0.581493
A2     : a2                                -0.500378  0.595789
A3     : a3                                 0.751076  0.688247
A4     : a4                                 0.113853  0.601400

Individual Site estimates of <Psi>
        Site         Survey         Psi     Std.err     95% conf. interval
   1        site 1         survey_1:  0.6623   0.1300     0.3856 - 0.8598

============================================================

   Individual Site estimates of <p>
        Site         Survey           p     Std.err     95% conf. interval
   1        site 1         survey_1:  0.6623   0.1300     0.3856 - 0.8598
   1        site 1         survey_2:  0.3775   0.1400     0.1587 - 0.6609
   1        site 1         survey_3:  0.6794   0.1499     0.3548 - 0.8909

Here is an output from the same model run in Presence 5.9

Code: Select all

Untransformed Estimates of coefficients for covariates (Beta's)
======================================================================
                                          estimate    std.error
A1   psi                              :   0.673723    0.581493
A2   p1                               :  -0.500378    0.595789
A3   p2                               :   0.751076    0.688247
A4   p3                               :   0.113853    0.601400

============================================================

   Individual Site estimates of <psi>
                Site               estimate  Std.err   95% conf. interval
psi             1 site 1          :  0.6623   0.1300     0.3856 - 0.8598

============================================================

   Individual Site estimates of <p2>
                Site               estimate  Std.err   95% conf. interval
p2              1 site 1          :  0.6794   0.1499     0.3548 - 0.8909
p3              1 site 1          :  0.5284   0.1499     0.2564 - 0.7846
                                  :  0.0000   0.0000     0.0000 - 0.0000 fixed

Notice the difference in individual site estimates for detection probabilities.

EDIT: This seems to only occur when combining matrices in the design matrix.